2005年2月某日－警視庁・室井管理官（柳葉敏郎）が、自らが指揮を執った殺人事件の捜査の責任を取らされ、逮捕されてしまう！逃走中に車にはねられ即死した被疑者の母親が、過剰な取り調べがあったとして刑事告発したのだった。
室井を救おうとする若き女弁護士（田中麗奈）。そして、警察の不正を暴くという大義名分をかざして徹底的に室井を追い詰める弁護士（八嶋智人）。
そこに、警察庁と警視庁の確執が絡み、新城（筧利夫）や沖田（真矢みき）の尽力も虚しく、事態は最悪の状況に。室井の捜査への姿勢に心動かされた新宿北署の現場の刑事（哀川翔）たちは、さらに殺人事件の真相を追う･･･。
さらに、今まで語られることのなかった室井の過去が明らかになった時、室井はさらなる窮地に追い込まれる。
果たして、室井はシロか、クロか！？